Yayasan perguruan Hamong Putera didirikan pada tanggal 1 Maret 1947 oleh Bapak Sastrodibroto (Blembem Kidul), bapak Parto Darsono (Dero Wetan, Camat Pakem, serta lima orang Lurah Pakem. Tenaga pengajar berasal dari pengajar yang seadanya, relawan, tentara pelajar, sehingga tidak diberikan gaji. Sekolah yang pertama kali didirikan berupa Sekolah Menengah Umum Pertama (SMUP)

Indonesia diproklamirkan pada tanggal 17 Agustus 1945, namun Belanda pada waktu itu belum mengaku kemerdekaan Indonesia hanya menganggap dipinjam oleh Jepang, karena pada waktu itu Belanda kalah perang dengan Eropa,kemudian Inggris yang merupakan Negara sekutu dating ke Indonesia diboncengi Belanda dan terjadi agresi, beribu-ribu warga Jakarta kala itu tewas. Sri Sultan Hamengkubuwono IX memberikan saran agar ibukota Republik Indonesia dipindah di Yogyakarta, dan Bung Karno menyetujuinya karena daerah-daerah lain telah menjadi Negara boneka jajahan Inggris.

Pada awalnya Perguruan Hamong Putera didirikan dengan tujuan untuk mencerdaskan anak desa demi kemajuan wilayah tersebut pada khususnya dan masyarakat luas. Karena belum memiliki gedung, maka pembelajaran dilakukan berpindah-pindah, dari satu rumah ke rumah lain, dari dusun satu ke dusun lain, namun dengan keadaan yang seperti ini sekolah menjadi berkembang. Yayasan Perguruan Hamong Putera disebut sebagai sekolah perjuangan, dengan mengingat sejarah tersebut sudah selayaknya kita berbangga menjadi warga sekolah perguruan ini dan sudah selayaknya pula kita berterima kasih dan berusaha untuk menjadikan perguruan ini menjadi lebih bersinar lagi.

Para pengurus yayasan, Pembina yayasan dan pengawas yayasan bersatu padu ingin menjadikan Yayasan ini maju dan eksis serta dikenal, tidak hanya di wilayah pakem dan Yogyakarta, namun di wilayah Indonesia bahkan Internasional. Beberapa kegiatan yang sudah dilakukan dengan mendatangkan pakar/pengamat pendidikan dari Kanada, untuk mengamati proses pembelajaran di Hamong Putera, serta memberikan masukan-masukan yang sifatnya membangun demi kemajuan pendidikan Yayasan Perguruan Hamong Putera Pakem